מקום בליגה: 11, ליגת העל (1)
גביע: חצי גמר גביע הטוטו
מאמן: ניר קלינגר
שחקנים: שוערים: ארנסטס שטקוס, רן קדוש
הגנה: דור מלול (ק), גבריאל תאמאש, ניסו קפילוטו, שון גולדברג, ריסטו מיטרבסקי, חן דילמוני, גיא משפתי
קישור: גילי ורמוט (ק), מקסים פלקושצ'נקו, רסמוס סויסטד, ראדו גינסארי, נס זמיר, גל אראל, גיא חדידה
התקפה: בן אז׳ובל, אלי אלבז, ת'נאסיס פאפאזוגלו
כובשים:
  1. זמיר 2
  2. אלבז 1
  3. גינסארי 1
  4. אז׳ובל 1
  5. מלול 1
  6. סויסטד 1
  7. קפילוטו 1
  8. אראל 1

בעקבות ההצלחה בעונה הקודמת, ניר קלינגר סומן כאחד מהמועמדים המובילים לאימון הנבחרת ובשל כך התעכב חידוש החוזה שלו בהפועל חיפה. גם השחקנים הבכירים של הקבוצה זכו להתעניינות מצידן של קבוצות אחרות ובעיקר האלופה הפועל באר שבע שהציעה חוזים גבוהים וארוכי טווח. יואב כץ התקשה להתחרות בהצעות האלה וחלק מהשחקנים החליטו לעזוב. ראשוני העוזבים היו מלך השערים אלון תורג׳מן שחתם באוסטריה וינה ושמואל שיימן שהצטרף לחנן ממן בהפועל ב״ש ועבר בהמשך לבית״ר. כץ ניסה למכור לבאר שבע גם את השוער המצטיין שטקוס בניגוד לדעתו של קלינגר אבל העיסקה התפוצצה ברגע האחרון. בינתיים הקבוצה יצאה למחנה אימונים בהולנד ואז הודלפה לתקשורת ״פרשת המסרונים״. זאת היתה התכתבות פנימית בין שחקני הקבוצה בה הם צוחקים על הבקשה של מנהל הקבוצה שיביאו מהבית כפכפים מאחר וחלק מהציוד עדיין לא הגיע. כץ נעלב באופן אישי מהתכתובת הנ״ל למרות שההלצות לא התייחסו אליו ישירות או למישהו מבעלי התפקידים בקבוצה. כץ שהתקשה להפגין חוש הומור, התייחס לדברים בחומרה רבה ואף איים לעזוב את הקבוצה. למעשה הוא ציפה להתנצלות של השחקנים המעורבים ובראשם הקפטן, עדן בן-בסט. בינתיים כץ השעה את המגעים על הארכת החוזה של בן-בסט, אבל הקפטן לא חיכה לו וחתם גם הוא בבאר שבע. זאת היתה מכה מקצועית ומורלית לקבוצה שאיבדה תוך זמן קצר את שני הקפטנים שלה ושני מלכי השערים מהעונה הקודמת. השחקנים שהגיעו במקומם לא נראו כמי שיכולים למלא את החלל שנוצר, בעיקר בחלק הקדמי. שחקני הבית אלי אלבז ורועי שוקרני חזרו לקבוצה. אליהם הצטרפו חן דילמוני, שון גולדברג, בן אז׳ובל, אלמוג בוזגלו והחלוץ היווני ת'נאסיס פאפאזוגלו. בנוסף הגיעו מספר שחקנים מהליגה הלאומית: נס זמיר, גיא חדידה וגיא משפתי. גם בצד הניהולי לא היתה יציבות כשסגן הנשיא דורון אוסידון עזב את הקבוצה לאחר שנתיים שבהן היה מאוד דומיננטי. במקומו של אוסידון מונה אמיר הברפלד.

לפני תחילת הליגה, הפועל חיפה חזרה לאירופה לאחר העדרות של 17 שנים (19 לא כולל האינטרטוטו). בסיבוב השני של מוקדמות הליגה האירופית הקבוצה עברה בקושי את FH האיסלנדית. בסיבוב הבא הפועל חיפה קיבלה הגרלה קשה במיוחד בדמותה של אטאלנטה האיטלקית. כצפוי, זה נגמר בהפסד כפול והדחה מאירופה. אלמוג בוזגלו שכבש שער במשחק הראשון נפצע בשני וסיים את העונה. משחק אלוף האלופים נקבע 48 שעות בלבד לאחר המשחק הראשון של הפועל חיפה באירופה. לאחר שהנסיונות לדחות את המשחק לא צלחו, ניר קלינגר החליט לשחק עם הרכב משני. מנגד, האלופה התייצבה עם הרכבה החזק כולל 3 השחקנים שהצטרפו מחיפה. למרבה ההפתעה המשחק היה שקול והסתיים ב-1:1. השחקנים הוכיחו אופי, ניצחו בדו-קרב הפנדלים והפועל חיפה זכתה לראשונה בתולדותיה בתואר אלוף האלופים. בזכות הנצחון הזה הקבוצה גם העפילה לחצי גמר גביע הטוטו, שם הפסידה למכבי חיפה בקרב פנדלים, לאחר 1:1 בתום 90 דקות.

למרות החשש מהמחסור בחלוצים, הקבוצה פתחה את הליגה בסערה עם נצחון מוחץ 0:5 על מכבי נתניה. המצטיין במשחק היה נס זמיר עם צמד שערים ושני בישולים. זה היה הנצחון הגבוה ביותר אי פעם של הפועל חיפה במחזור הראשון של העונה והפעם הרביעית מאז קום המדינה שהקבוצה מביסה את נתניה בתוצאה זו.