מקום בליגה: 3, ליגה לאומית (1)
גביע:
מאמן: מינדה יובאנוביץ' \ דוד פרקש
שחקנים: שוערים: אליהו בניש, יוסף דהאן, יוסף שמואל
הגנה: שאלתיאל אוז'לבו, דוד גביסון (ק), דב עצמון, מרדכי פיקר, עמוס לזובסקי, אלי דמתי
קישור: יצחק רזון, איציק אנגלנדר, אפרים לאופר, יוחנן וולך, יהושע פלגי, דב לינד, מתי ארזי, אליהו פלצ'י, צבי איינהורן
התקפה: רובי יאנג (ק), גדעון גולדברג, אבא גינדין, ויקטור יאנג, צבי שיים, יצחק אינצ'י
כובשים:
  1. גינדין 16
  2. רובי יאנג 16
  3. אנגלנדר 11
  4. גולדברג 7
  5. עצמון 5

בשנת 1966 ההתאחדות החליטה באופן שנוי במחלוקת להקפיא את הליגה לשנתיים, וכך החלה עונה כפולה של 60 מחזורים. את הפועל חיפה המשיך לאמן היגוסלבי מינדה יובאנוביץ' ששמר על רוב הסגל מהעונה הקודמת, למעט קיוביק ששוחרר לטובת קריירה מקצוענית בדרום אפריקה. אל הקבוצה הצטרפו אלי דמתי מהפועל נחליאל והשוער יוסף דהאן מהפועל קרית חיים. לפני פתיחת העונה נערך משחק על תואר "אלוף האלופים" בו מחזיקת הגביע, הפועל חיפה הפסידה לאלופה הפועל ת"א 2:1. הפתיחה לא היתה טובה וכעבור שלושה מחזורים ניצבה הפועל חיפה במקום האחרון עם נקודה בודדת. בינתיים השחקנים איימו בשביתה במחאה על הדחתו של עו"ד שלמה אבני מתפקיד דובר מחלקת הכדורגל. במחזור הרביעי הפועל חיפה פגשה את המוליכה הפועל פ"ת וניצחה אותה 0:3, אבל המשיכה לדשדש בתחתית עד המחזור ה-12 בו דורגה במקום ה-11. במחזור זה שנעל את שנת 1966 הפועל חיפה ניצחה 0:4 את מחנה יהודה במשחק סוער שבמהלכו התרחשה תגרה בין השחקנים. שחקני מחנה יהודה פגעו גם במנהל הפועל חיפה יצחק בן-זאב ובצלם עיתונות. במחזור ה-15 הקבוצה עלתה למקום השישי לאחר נצחון 0:2 על נתניה עם צמד של גולדברג. באותו משחק שוקה פלגי שבר את רגלו בצורה קשה ואושפז לאחר מכן בבית חולים. במחזור ה-18 הפועל חיפה ניצחה את המוליכה מכבי ת"א 0:2 בחוץ מצמד של גינדין. בזכות ניצחון זה עלתה מכבי חיפה למקום הראשון. לאחר מכן איים רובי יאנג בפרישה מהפועל חיפה והנבחרת אם הנהלת הטוטו לא תאשר לו לנהל תחנת טוטו בחיפה כפי שהובטח לו. לאחר מספר ימים הושג הסדר עם הטוטו, יאנג חזר לאימונים וכבש את שער הנצחון מול בני יהודה שהעלה את הקבוצה למקום השלישי במחזור ה-20, לאחר 10 משחקים ללא הפסד. כעבור שני מחזורים התייצבה הפועל חיפה לדרבי ללא רובי יאנג שחלה בשפעת מול מכבי שהוליכה את הטבלה ובאה כפייבוריטית למשחק שנערך בקרית אליעזר לעיני 15,000 צופים. אבל לדרבי חוקים משלו והפועל המשיכה את את המסורת של השנים האחרונות כשניצחה 0:1 משער של וולך. הפועל חיפה המשיכה לרוץ בצמרת הגבוהה וניצבה במקום השלישי לאחר תיקו 1:1 עם המוליכה מכבי תל-אביב במחזור ה-26, לפני יציאת הליגה לפגרה שנגרמה בגלל מלחמת ששת הימים. עם פרוץ הקרבות עזב יובאנוביץ' את הארץ כמו רוב המאמנים הזרים בליגה. במקומו מונה לראשונה לאחר כתשע שנים מאמן ישראלי - דוד (דז'ה) פרקש ששיחק ואימן בעבר ביריבה העירונית.

פרקש שינה למספר שחקנים את תפקידם כשוולך עבר לקישור וגולדברג הוצב בעמדת המגן. הוא גם העלה מספר שחקנים מהנוער כשהבולט מביניהם היה יצחק אינצ'י. גם צבי איינהורן, עולה חדש כבן 20 הצטרף לקבוצה. עם חידוש המשחקים בסוף אוגוסט 1967, הפועל חיפה המשיכה בתנופה ועלתה למקום השני לאחר ניצחון 0:1 על בני יהודה במחזור ה-28. הקבוצה שמרה על המקום השני בתום שני הסיבובים הראשונים לאחר שסיימה בתיקו 1:1 בדרבי הצמרת שנערך בקרית חיים לעיני 20 אלף צופים. במחזור ה-34 ספגה הפועל חיפה תבוסה 4:1 מהפועל פתח תקוה שהורידה אותה למקום הרביעי, אבל הקבוצה התאוששה במחזור הבא עם ניצחון 0:4 על מחנה יהודה. במחזור ה-38 הפועל חיפה נקלעה לפיגור מוקדם של 2:0 בבאר-שבע, אבל הצליחה להפוך את התוצאה ולנצח 2:3 בסיום. במחזור ה-41 הקבוצה חזרה למקום השלישי לאחר תיקו 1:1 במשחק הצמרת מול הפועל פ"ת. במחזור הבא הפועל חיפה ניצחה את מחנה יהודה בפעם השלישית העונה בתוצאה 0:4 עם צמדים של גינדין ורובי יאנג. במחזור ה-46 פוצץ המשחק נגד שעריים במצב של 0:1 לחיפה, לאחר ששחקני שעריים תקפו את השופט במחאה על הרחקה של שחקן שפגע בגינדין ללא כדור. הפועל חיפה זכתה בניצחון טכני 0:3 ועלתה למקום השני. במחזור ה-48 אירחה הפועל חיפה את המוליכה מכבי ת"א לקרב צמרת, אבל הפסידה 1:0 וירדה למקום השלישי. במחזור הבא, הפסד 2:1 לאחרונה בטבלה נס ציונה, הרחיק את הקבוצה מהפסגה. במחזור ה-52 הפועל הגיעה לדרבי לאחר 5 משחקי ליגה ללא ניצחון. המשחק היה סוער ושתי הקבוצות נותרו ב-10 שחקנים לאחר שפיקר ובליטי שהתקוטטו ביניהם הורחו ע״י השופט אשכנזי. בסיום הפועל ניצחה 0:1 משער של אנגלנדר. במחזור ה-56 הפועל חיפה ניצחה בחוץ את המוליכה מכבי ת"א 1:2 מצמד של רזון. בגביע, הפועל חיפה הופתעה על-ידי הפועל צפת מליגה א׳ שהדיחה אותה לאחר נצחון 1:2. במחזור ה-57 נרשם הניצחון הגבוה של העונה, 1:6 מול נס ציונה. העונה הארוכה הסתיימה עם ניצחון שלישי במשחקי הדרבי, 0:1 משער של ויקטור יאנג.