עונת 1940/41 לא נפתחה בגלל סכסוך בין מרכזי הפועל ומכבי. ניסיונות שנעשו כדי לפשר בין הצדדים לא צלחו והמגעים פסקו בחודש מרץ 1941. מרכז הפועל החליט לארגן ליגה לקבוצות הפועל שחולקה לשתי מחוזות: דרום השרון והשומרון. אבל המצב בחיפה היה קשה יותר, הפעילות הספורטיבית בעיר נפסקה כמעט לחלוטין והקבוצות החיפאיות כמעט לא השתתפו במשחקי הכדורגל שעוד התקיימו ברמה הארצית. היה ניסיון להקים ליגת כדורגל מחוזית בחיפה בהשתתפות עשר קבוצות. ליגה זו נפסקה לאחר סיבוב אחד, כשהפועל חיפה מדורגת במקום השני.
לקראת סוף שנת 1941 נחתם הסכם בין מרכזי הפועל ומכבי, בו הוחלט על חלוקת הליגה הראשונה לשלושה מחוזות: חיפה, תל-אביב וירושלים. משחקי הליגה במחוז חיפה החלו ב-20 לדצמבר אבל סבלו מאי-סדרים רבים ורובם הוכרעו בועדת הליגה בגלל שיתוף של שחקנים שלא כדין. ב-17 לינואר 1942 היה אמור להערך דרבי חיפאי אבל הפועל הופיעה עם חמישה שחקנים בלבד וספגה הפסד טכני. ב-5 למרץ הוחלט על ביטול הליגה בחיפה ובמקומם על עריכת משחקי גביע חיפה ע״ש ראש העיר, שבתאי לוי. ב-4 לאפריל הפועל ניצחה את מכבי 1:4 בדרבי שנערך במסגרת גביע חיפה. הפועל חיפה העפילה לגמר אחרי נצחונות על איסלמיק וגילקריטס. בגמר הפועל חיפה גברה על הקבוצה הצבאית פריווס 11 וזכתה בגביע שהוענק לה ע״י ראש העיר.
בינואר 1943 ההתאחדות לכדורגל רצתה להקים מחדש ליגה ארצית אבל בגלל התנאים בארץ בזמן המלחמה התעוררו קשיים בהפעלת הליגה. הפועל חיפה נאלצה להסתפק במשחקי גביע וידידות. במרץ הוחלט בהתאחדות על קיום משחקי הגביע המלחמתי, במקום הגביע הארץ-ישראלי. בניגוד לתחרויות קודמות, הפעם 28 הקבוצות המשתתפות חולקו ל-4 אזורים, כשהפועל חיפה משחקת במחוז חיפה. ב-5 ליוני הפועל חיפה ניצחה קבוצה צבאית 4:7 במסגרת גביע חיפה והעפילה לגמר בו פגשה קבוצה צבאית נוספת בשם יומס. הפועל ניצחה בסיכום שני המשחקים וזכתה בגביע בפעם השניה ברציפות.
בשנת 1944 עונת 1943/44 של הליגה המלחמתית במחוז תל-אביב והדרום נמשכה ללא השתתפות הפועל חיפה. הפועל חיפה נרשמה למשחקי גביע המלחמה בהשתתפות 19 קבוצות ולטורניר גביע חיפה ביחד עם מכבי ובית״ר חיפה. הפועל חיפה זכתה לחיזוק משמעותי עם צירופו של עולה חדש מפולין, יצחק בן-זאב. ינה שטרן שפרש ממשחק, מונה למאמן הקבוצה. בשני משחקי הגמר של גביע חיפה הפועל גברה על אול וייט וזכתה בגביע חיפה בפעם השלישית ברציפות. בערב חג שבועות ב-27 למאי נערכו חגיגות לציון 20 שנה להקמת הפועל בחיפה. לרגל המאורע נערך משחק ידידות בין קבוצות הפועל חיפה ות״א שהסתיים ב-0:0. המגרש היה מקושט בדגלי תכלת לבן והפועל. ב-8 ליולי נערך משחק ידידות מול מכבי ת״א שהכנסותיו הוקדשו לעזרה רפואית לצבא האדום. במשחק שנערך בנוכחות קהל רב, הפועל ניצחה 0:1. באוקטובר הוחלט על קיום ליגה ארצית לעונת 1944/45 בהשתתפות 15 קבוצות שיתחלקו לשני מחוזות: צפון (שומרון) ודרום. הפועל חיפה שובצה כמובן למחוז הצפוני אבל שאר הקבוצות שם היו ממרכז הארץ.
ב-18-19 למאי 1945 נערך ביוזמת הפועל חיפה טורניר ״גביע הניצחון״ לכבוד כניעתה של גרמניה הנאצית וסיומה של מלחמת העולם השניה באירופה. מלבד הפועל חיפה השתתפו בטורניר הפועל רמת-גן ועוד שתי קבוצות צבאיות. הפועל חיפה זכתה בגביע אחרי שגברה במשחק הראשון 2:5 על נבחרת חיל האוויר, ובמשחק הגמר 1:5 על ״בולקרס״ אלופת הצבא. פתיחת עונת 1945/46 התעכבה בגלל סכסוך נוסף בין האגודות, הפעם בשל העברת שחקנים רבים ממכבי להפועל. בעקבות כך מכבי פרשה מההתאחדות והקימה ליגה נפרדת שכונתה ״ליגה אזרחית״. ההתאחדות המשיכה להפעיל את ליגה א׳ אבל היא כונתה בחלק מהעיתונים ״ליגת הפועל״. הפועל חיפה שיחקה בליגה של ההתאחדות ביחד עם עוד 8 קבוצות הפועל.
בתחילת 1946 ליגה א׳ של ההתאחדות המשיכה עם קבוצות הפועל בלבד. במהלך החודשים ינואר – אפריל הפועל חיפה ניצחה ב-6 מתוך 8 משחקי הליגה ועלתה למקום הראשון בטבלה. הניצחון הגבוה הושג ב-23 למרץ, 1:8 על הפועל נתניה. אבל לאחר שהושג הסכם בין אגודות הפועל למכבי על ניהול ההתאחדות בשיטת פיפטי-פיפטי, הליגה הופסקה. לאחר הקמתה מחדש של ההתאחדות לכדורגל הוחלט על קיום משחקי הגביע הארץ ישראלי לשנת 1946. בספטמבר הוחלט על פתיחת עונת הכדורגל 1946/47, עם 14 קבוצות בליגה הארצית הראשונה, ביניהן הפועל חיפה כמובן.
ב-6 לפברואר 1947 הפועל חיפה התמודדה מול הקבוצה ההונגרית מ.ט.ק. שביקרה בארץ. המשחק שנערך על מגרש שבאב-אל-ערב לעיני 8,000 צופים, הסתיים בניצחון ההונגרים 3:1. לאחר המשחק הצבא הבריטי הקיף את המגרש ובדק את תעודות הזהות של כל הנוכחים במשך כשלוש שעות. עשרות אנשים שהיו ללא תעודות, נעצרו. באפריל יצאה נבחרת הפועל ארץ-ישראל למסע משחקים בארה״ב. שני נציגי הפועל חיפה בנבחרת היו יצחק בן-זאב ומנחם שבל. בינתיים נמשכו משחקי הליגה והגביע. בנובמבר החלה עונת 1947/48. מכבי חיפה עלתה לליגה הראשונה לאחר שנים רבות ולראשונה מאז עונת 1931/32 היו לחיפה שתי נציגות בליגה הארצית הבכירה. ב-22 לנובמבר נערך הדרבי החיפאי על מגרש מכבי לעיני קהל של אלפים. לפני תחילת המשחק הגיש קפטן מכבי שלפנברג זר פרחים לקפטן הפועל אבנר. הפועל לא התרגשה במיוחד וניצחה 1:5. ב-29 לנובמבר נערכה ההצבעה באו״ם על תוכנית החלוקה של ארץ ישראל. יום לאחר מכן פרצה מלחמת העצמאות והמצב הביטחוני בארץ הדרדר, מה שהקשה על המשך קיומה של הליגה. בדצמבר ההתאחדות ביטלה את כל משחקי הליגה בצפון אבל ב-6 לדצמבר הפועל חיפה הצליחה לקיים משחק ידידות מול הפועל קרית חיים וניצחה 0:1.
הפועל חיפה 1947
לאחר פרוץ מלחמת העצמאות ההתאחדות נאלצה להודיע על הפסקת משחקי הליגה בחודש ינואר 1948, כאשר הפועל חיפה מדורגת שביעית עם ארבעה משחקים בלבד. בחודש פברואר ההתאחדות החליטה על הקמת ליגת חירום בהשתתפות שמונה קבוצות מאיזור ת״א, אבל גם הליגה הזאת הופסקה בסוף חודש אפריל. ב-22 לאפריל חיפה שוחררה ולאחר מכן החיים בעיר החלו לשוב למסלולם. גם הפועל חיפה חידשה את פעילותה לאחר הפסקה של ארבעה חודשים. ב-14 למאי התקיימה הכרזת העצמאות של מדינת ישראל אבל המלחמה נמשכה, כאשר רבים משחקני הכדורגל מגוייסים לצבא. שוער הפועל חיפה אריק בן-ישראל ששירת בחטיבת כרמלי נפצע בקרבות בסג'רה ואיבד את מאור עיניו.
לאחר קום המדינה הפועל חיפה קיימה מספר משחקי ידידות אבל נוצחה בכולם. הקבוצה התקשתה להעמיד 11 שחקני הרכב ונאלצה להשלים את החסר עם שחקנים ממכבי חיפה ומכבי פ״ת. בינואר 1949 הסתיימה בפועל מלחמת העצמאות והחיים במדינה הצעירה החלו לשוב למסלולם. ב-1 לינואר הפועל חיפה שיחקה נגד קבוצה של חיל הים שהחליטה לנטוש את המגרש לפני שריקת הסיום, מסיבה לא ברורה. בתגובה הושעתה הקבוצה ממשחקים למשך חודש ע״י קצין האימון הגופני של חיל הים. בפברואר ההתאחדות החלה לדון בחידוש הליגה הסדירה, כאשר עדיין רבים משחקני הכדורגל היו מגוייסים לצבא. נציג הפועל חיפה דרש לקיים את המשחקים בכל התנאים. הצבא הודיע מצידו שהוא יהיה מוכן לשחרר שחקני כדורגל בשבתות כדי שיוכלו להשתתף במשחקים. ב-26 לפברואר נערכה הישיבה הראשונה של מליאת מרכז הפועל. הפועל חיפה המשיכה בינתיים לשחק בעיקר מול קבוצות צבאיות. בהמשך הפועל חיפה שיחקה גם נגד קבוצות אזרחיות כמו מכבי והפועל ת״א. הקבוצה שהודרכה ע״י המאמן בונדי גלנץ, הורכבה בעיקר מעולים חדשים שהצטרפו אל השחקנים הותיקים יותר. בין השחקנים החדשים בלט משה הנדלר, ניצול שואה שכונה ״פושקאש החיפאי״. ב-24 לאפריל הפועל ציינה חצי יובל (25 שנים) להקמתה, אבל החגיגות הרשמיות נדחו לחודש יולי.
בגביע, הפועל חיפה עלתה לחצי הגמר, שם פגשה את הפועל ר״ג. המשחק הראשון שנערך ב-21 למאי הסתיים בניצחון חיפאי מוחץ 1:5. אבל כאשר היה נראה שהפועל חיפה הבטיחה את מקומה בגמר, משחקי הגביע הופסקו בשל ערעורים שהוגשו ע״י מכבי ת״א ומכבי פ״ת. בסוף חודש מאי התחילה הליגה של עונת 1949/50. במשחק שנערך מול מכבי ת"א החזקה ב-11 ליוני, הורחקו לא פחות מ-5 שחקנים תל-אביביים. השופט, אברהם שר שעבד במועצת פועלי חיפה, הרחיק גם את בן-זאב במחצית הראשונה. הפועל חיפה ניצחה בסיום רק 0:1 משער של הנדלר מהנקודה הלבנה. זה היה ניצחון הליגה הראשון של הקבוצה מאז קום המדינה. לאחר המשחק בן-זאב הורחק ע"י ועדת המשמעת לשלושה חודשים. במחזור החמישי נערך הדרבי החיפאי הראשון מאז קום המדינה. במשחק שנערך ב-18 ליוני במגרש הפועל לעיני 2,000 צופים, הפועל ניצחה 0:2. ב-8 ליולי החלו חגיגות חצי היובל להפועל עם מצעד בהדר שבו השתתפו כאלף איש. לאחר מכן נערך נשף באולם ״אורה״ שבו נשא דברים מייסד הפועל חיפה, יהושע שרפשטיין. ב-5 לנובמבר הפועל חיפה הביסה את מכבי נתניה 0:5 כשבן-זאב כובש את כל חמשת השערים, שיא שלא נשבר עד היום!
בחודש מרץ 1950 ביקרה בישראל קבוצת הפאר הטורקית פנרבחצ'ה וב-18 לחודש קיימה משחק נגד הפועל חיפה שמשך אליו כ-5,000 צופים, כאשר לא מעט אחרים נותרו מחוץ למגרש. הפועל חיפה הפתיעה את הטורקים ם כשניצחה 1:3. הקבוצה הפגינה יכולת טובה גם בליגה וסיימה את עונת 1949/50 במקום השלישי.
שחקנים בולטים: יצחק בן-זאב, מנחם שבל, יהושע (שוקה) ברשדסקי, משה הנדלר, שמשון פרקש, פיני זייד, אליעזר קוך, אהרל׳ה הוכדורף.
הישגים: מקום שלישי (1950), גביע חיפה (1941, 1943, 1944)