פתיחת עונת 1950/51 נדחתה מסיבות שונות ובינתיים הפועל חיפה המשיכה לקיים משחקים בינלאומיים נגד אלופת קפריסין, א.פ.א. לרנקה, א.י.ק. שטוקהולם ועוד. בפברואר 1951 חודשו משחקי הגביע שהתחילו ב-1949. ב-3 לחודש הפועל חיפה התמודדה במשחק הגומלין של חצי הגמר מול הפועל ר״ג לאחר שניצחה 1:5 במשחק הקודם שנערך במאי 1949. משחק חצי הגמר השני הסתיים ב-2:2 והפועל חיפה העפילה לגמר, שלא התקיים בסופו של דבר. גם הליגה לא התקיימה בגלל סכסוך מתמשך בין מרכזי הפועל למכבי. מרכז הפועל החליט לקיים ליגות נפרדות במסגרת ״גביע 30 שנה להסתדרות״. בליגה הארצית שנפתחה בחודש פברואר שיחקו 6 קבוצות הפועל הבכירות, ביניהן חיפה כמובן. בספטמבר הצליחו סוף סוף בהתאחדות להגיע להסכמה שאיפשרה את פתיחת עונת 1951/52. במחזור השני הפועל חיפה הביסה את מכבי נתניה 0:5, בדומה לעונה הקודמת. בנובמבר הפועל חיפה יצאה למסע משחקים בקפריסין שנמשך 12 יום, במהלכו הפועל חיפה קיימה ארבעה משחקים וניצחה בכולם.
ב-2 לפברואר 1952 הפועל השיגה את נצחונה הגבוה ביותר במשחקי הדרבי החיפאי מאז קום המדינה ועד היום. הפועל הביסה את מכבי 1:7 במשחק חד-צדדי שנערך במגרש הפועל במזג אויר גשום לעיני כאלף צופים. בשמינית גמר הגביע הפועל חיפה הוגרלה מול הפועל ת״א. בדומה למה שקרה בחצי הגמר ב-1938, שני המשחקים הראשונים הסתיימו ללא הכרעה. ב-8 למרץ התקיים המשחק השלישי באצטדיון המכביה בת״א. לאחר שהפועל ת״א עלתה ליתרון 2:0 התפתחה תגרה במגרש ושחקני הפועל חיפה ירדו לחדר ההלבשה בדקה ה-70. לאחר מספר דיונים בהתאחדות, הוחלט שהמשחק יחודש ל-25 דקות, אבל הפועל חיפה ויתרה והודחה מהגביע.
במחזור העשירי הפועל חיפה הביסה 0:6 את מכבי ראשל"צ עם שלישיה של אורבך. במחזור הבא, הפועל חיפה הופיעה בהרכב חסר וספגה את התבוסה הגדולה בתולדותיה, 8:1 למכבי פ"ת. לפני מחזור הסיום הפועל חיפה ניצבה במקום השלישי עם שבעה נצחונות רצופים, וארחה את הפועל ראשל"צ החלשה שהיתה חייבת ניצחון כדי להשאיר לעצמה סיכוי להשאר בליגה. במשחק שנערך בחיפה הפועל חיפה לא ממש התאמצה מול אחותה מראשל"צ והפסידה 2:0. אבל במקביל, מכבי חיפה והאלופה מכבי ת"א לא התאמצו מול קבוצות מכבי. אירועי השבת השחורה נדונו במשך תקופה ארוכה ובתחילת 1953 פורסמו מסקנות ועדת הבירור שהחליטה לבטל את תוצאות שלושת המשחקים.
בתחילת 1953 עמנואל (מוני) פריד מונה למאמן-שחקן. הקבוצה החלה במגמת הצערת הסגל, כשמהנוער עלו מספר חשקנים, ביניהם משה פלדשטיין ומיכאליס סימנדיריס, שחקן ממשפחה יוונית-נוצרית. במחזור השלישי בעונת 1953/54, נערך הדרבי החיפאי במגרש הפועל. על המגרש הבוצי התפתח משחק אגרסיבי ביותר בו הורחקו שלושה שחקנים. מכבי כבשה מהנקודה הלבנה וניצחה בדרבי החיפאי בפעם הראשונה בהיסטוריה. ב-12 לדצמבר נערך משחק דרבי לראשונה באצטדיון העירוני שנבנה בקרית אליעזר, לעיני כ-3,500 צופים. הפועל ניצחה 0:1. זה היה הניצחון הראשון של הפועל חיפה בסיבוב השני לאחר שבעה משחקי ליגה שעברו מאז הניצחון הקודם שהושג במאי, לפני שבעה חודשים.
במחזור ה-18 הפועל חיפה הפסידה במפתיע לאחרונה בטבלה בלפוריה בתוצאה 1:0. לאחר שני הפסדים נוספים, הקבוצה איבדה גובה וירדה למקום התשיעי, כשהיא רחוקה רק נקודה מהקו האדום. הפועל חיפה הבטיחה את ההישארות במחזור ה-21, כשניצחה את מכבי נתניה בתוצאה 1:2. במחזור האחרון הפועל חיפה הופיעה בהרכב חסר ונוצחה 2:1 על-ידי בית"ר ת"א שהיתה מתחת לקו האדום. היו טענות שהפועל הפסידה בכוונה כדי להוריד את מכבי חיפה ליגה. אבל מכבי חיפה ניצחה בעצמה וניצלה מירידה.
בתחילת שנת 1955 נמשך הסכסוך בין המרכזים ופתיחת העונה שהיתה אמורה להתחיל ב-1954 התעכבה. בסוף ינואר החליט השופט ד״ר יוסף לם על פשרה שכללה את הגדלת הליגה ל-14 קבוצות והקפאת הירידות. שחקן העבר גדליהו (גזה) פוקס מונה למאמן. עונת 1954/55 יצאה לדרך בפברואר. לאחר שהפועל חיפה נקלעה לסכנת ירידה, המאמן גזה פוקס סיים את תפקידו ובמקומו מונה שלמה פוליאקוב. ב-14 לספטמבר נחנך באופן רשמי האצטדיון העירוני בקרית אליעזר לאחר שהושלמה בנייתו והוקם בו משטח דשא. לכבוד המאורע נערך משחק חגיגי בין נבחרות חיפה ות״א שהסתיים בתוצאה 3:3. במחזור ה-24 הפועל חיפה הובסה בבית על-ידי הפועל פ"ת בתוצאת השיא 9:3, במשחק בו נחום סטלמך כבש חמישה שערים. בעקבות הפסד זה, הקבוצה היתה קרובה למשחקי המבחן, אבל ניצלה בזכות נצחונות בשני המחזורים האחרונים של העונה.
לאחר הכשלון בעונה החולפת, כוכב העבר יעקב (ינה) שטרן מונה למאמן. דוד שוויצר הגיע להפועל חיפה מהפועל ת"א כשחקן ומאמן קבוצת הנוער. שחקנים ותיקים רבים עזבו והקבוצה החלה בתהליך של הצערה. הפועל חיפה הצליחה לצרף את החלוץ המצטיין אברהם גינזבורג שהגיע מהפועל רחובות, לאחר שמספר קבוצות הפועל רצו בשירותיו. גם מיכאל (מישל) בן-דוד, עולה חדש ממרוקו, הצטרף לקבוצה. בעונת 1955/56, בה ליגה א׳ הפכה לליגה הלאומית, הפועל חיפה עברה לשחק באיצטדיון העירוני בקרית אליעזר. במחזור השמיני הפועל פגשה את מכבי בדרבי, אחרי שספגה שתי רביעיות בשנה שעברה. הפעם זה נגמר בתבוסה חסרת תקדים, 5:0 למכבי עם שלושער של שלמה לוי. הקבוצה סיימה את העונה במקום השישי. קבוצת הנוער בהדרכתו של שוויצר זכתה באליפות הארצית לראשונה בתולדותיה, לאחר שניצחה במשחק הגמר הארצי שנערך ב-7 ליולי את גדנ״ע עודד ת״א 0:1. ב-28 ליולי נחנכה התאורה באצטדיון קרית אליעזר עם טקס חגיגי שכלל תזמורת וריקודים ולאחריו משחק דרבי ״לילי״ לעיני 9,000 צופים שקיבלו הזמנות לאירוע.
לאחר הצלחתו עם קבוצת הנוער, שוויצר קודם לתפקיד מאמן קבוצת הבוגרים והמשיך גם כשחקן בעונת 1956/57. הוא החליט להוריד את ממוצע הגיל בקבוצה והעלה שבעה שחקנים מהנוער במטרה לבנות קבוצה שמבוססת על שחקני בית צעירים שיוכלו להתפתח ולשחק ביחד בשנים הקרובות. יעקב (יאנגו) סימנדיריס בן ה-17 הצטרף לשני אחיו הגדולים וביחד שיחקו שלושתם בהרכב הקבוצה. בין שאר השחקנים שעלו מהנוער בלט משה ששון (שש). לאחר חמישה הפסדים בששת המחזורים הראשונים של העונת, הקבוצה דורגה אחרונה בליגה. המאמן-שחקן דוד שווייצר הסיק את המסקנות והדיח את עצמו מההרכב. לאחר מכן הרבוצה התאוששה קצת. במחזור התשיעי גינזבורג כבש שלושער מול נתניה והעלה את הפועל חיפה למקום השביעי בסיום הסיבוב הראשון.
באותה התקופה הקבוצה קלטה לשורותיה מספר פליטים מהונגריה ש"נחטפו" מאולם הנכנסים בנמל חיפה, כשהבולט ביניהם היה נתן (לאסלו) פרסלני. בעיתונות הועלו טענות שהסוכנות היהודית מסייעת להפועל חיפה ומפנה אליה שחקני כדורגל יהודים-הונגרים כבר בהגיעם לוינה, בדרכם לישראל. בסיבוב השני, הפועל חיפה המשיכה בתנופה והביסה את מכבי בדרבי בתוצאה 1:4 כשגינזבורג ממשיך להפציץ עם רביעיית שערים. זה היה הניצחון הרביעי ברציפות בליגה והנצחון הראשון בדרבי לאחר שנתיים. במחזור ה-13 הפועל חיפה הפתיעה את האלופה, מכבי ת"א כשגברה עליה 0:1, לראשונה מאז 1949. בפעם היחידה בהיסטוריה הקבוצה סיימה עונה שלמה ללא אף תוצאת תיקו. גינזבורג הוכתר כמלך השערים של העונה עם 16 שערים מתוך 22 שכבשה הקבוצה ב-18 מחזורי הליגה.
לאחר סיום העונה התמנה אלי פוקס למאמנה של הפועל חיפה במקום דוד שווייצר שיצא להשתלמות מאמנים בקלן. בפגרה הצטרפו לקבוצה יצחק (איציק) אשכנזי שהגיע מהכח ת"א, זאב שרף הגיע ממכבי פ"ת לאחר שנה של הסגר, מישל פורטל, עולה חדש ממרוקו ששיחק תקופה קצרה בקרית חיים ואשר זליקוביץ מהפועל פ"ת. ב-1 לינואר 1958 התפרסמה הידיעה המרעישה על החתמתו של זלטקו (צ'יק) צ'ייקובסקי היוגוסלבי-קרואטי כמאמן הפועל חיפה. צ'ייקובסקי היה באותה תקופה אחד השחקנים הגדולים באירופה והסכמתו להגיע לישראל התבססה בעיקר על קשר אישי עם דוד שוייצר שעשה איתו השתלמות מאמנים בקלן. ב-19 לפברואר צ'ייקובסקי הגיע לארץ והתקבל בכבוד מלכים בטקס שנערך בנמל חיפה. אז גם הוחלט שהוא יופיע בהפועל חיפה גם כשחקן. צ'יק ערך את הבכורה הרשמית שלו כמאמן-שחקן ב-1 למרץ במשחק מול בית"ר ת"א שבו ניצחה הפועל חיפה 1:4. במחזור ה-16 רשמה הפועל חיפה את נצחונה הגבוה באותה עונה כשהביסה את הפועל ר"ג 0:6 עם שלושער של אברהם גינזבורג והתבססה במקום הרביעי.
הפועל חיפה 1958
לקראת העונה הבאה, רוב הסגל נשאר בקבוצה אבל האווירה השתנתה לטובה בעקבות הגעתו של צ'ייקובסקי. צ'יק הנהיג חמישה ימי אימונים בשבוע, שם את הדגש על הכושר הגופני, וסיגל לקבוצה סגנון משחק מהיר ותכליתי עם רוח לחימה. במקום תשלום על אימונים כפי שהיה מקובל בקבוצות אחרות, השחקנים נהנו מארוחה משותפת בסיום כל אימון לפי תפריט מיוחד של צ'יק. בספטמבר נערכו השלבים האחרונים של משחקי הגביע והפועל חיפה העפילה לראשונה מאז קום המדינה לגמר, אחרי שניצחה את הפועל ר"ג 0:2 בחצי הגמר עם שערים של צ'ייקובסקי וגינזבורג. משחק הגמר שנערך ב-30 לספטמבר ברמת-גן מול מכבי ת"א היה שקול לבסוף האלופה ניצחה 2:0 וזכתה בגביע. לאחר גמר הגביע החל טורניר חגיגי שנערך על-ידי ההתאחדות לכדורגל לכבוד עשר שנים להקמתה של המדינה. לגמר הגיעו קבוצות הפועל מחיפה וירושלים. לפני משחק הגמר גינזבורג חלה, במקומו הרכיב המאמן צ'ייקובסקי את חיים נחמיאס האלמוני ואילו אשכנזי הוצב בחוד. האירוע הגדול התקיים ב-8 לנובמבר באצטדיון באסה ביפו. הפועל חיפה ניצחה עם צמד של אשכנזי ובסיום המשחק פרצו למגרש עשרות אוהדים חיפאים והניפו את השחקנים על כתפיהם. לאחר מכן הקפטן מיכאל סימנדיריס הניף את גביע העשור, התואר הראשון של הפועל חיפה.
עונת 1958/59 נפתחה באיחור אופייני לאותה התקופה, בחודש נובמבר. הפועל חיפה סיימה את הסיבוב הראשון עם שלושה ניצחונות רצופים. האחרון שבהם היה ניצחון מוחץ 0:6 על מכבי יפו שהעלה את הקבוצה למקום השני בתום הסיבוב הראשון, נקודה אחת פחות ממכבי חיפה שהיתה במקום הראשון. במחזור ה-17 הפועל חיפה השיגה ניצחון גדול בחוץ על האלופה מכבי ת"א בתוצאה 0:3 ועלתה על חשבונה למקום השלישי. הפועל חיפה המשיכה ביכולת הטובה ובמחזור הבא הביסה את בית"ר ת"א 1:6. לאחר מכן בדרבי, הפועל ניצחה בפעם הראשונה לאחר שנתיים, בתוצאה 1:3 וחלפה על פני מכבי בטבלה. לפני המחזור האחרון הפועל חיפה פיגרה בשתי נקודות אחרי הפועל פ״ת שנהנתה גם מהפרש שערים עדיף. לחיפה עוד נותר סיכוי תיאורטי אבל באופן מעשי פתח תקווה כבר הבטיחה את האליפות. במחזור האחרון שנערך ב-16 למאי הפועל חיפה לא עמדה בלחץ וספגה תבוסה מפתיעה 5:0 ממכבי יפו. הפועל פ"ת הוכתרה כאלופה למרות שהפסידה 1:3 בדרבי למכבי פ״ת והפועל חיפה נאלצה להסתפק בסגנות, לראשונה בתולדותיה.
קבוצת הנוער זכתה באליפות מחוז הצפון בהדרכתו של עמנואל פריד כשהיא מנצחת כמעט את כל המשחקים, למעט משחק אחד בו סיימה בתיקו מול מכבי חיפה. הקבוצה ספגה שני שערים בלבד במשך כל העונה, השני היה במחזור האחרון שנערך ב-21 ליוני כשהפועל ניצחה בדרבי 1:4 וזכתה באליפות. בשורות אותה קבוצה בלטו בין השאר ראובן (רובי) יאנג וליאון קיוביק. בבוגרים, צ'ייקובסקי המשיך לעונה שלישית כמאמן-שחקן עם ציפיות גבוהות לאחר העונה הקודמת. הקבוצה התחזקה עם צירופו של חלוץ מכבי חיפה לשעבר, שלמה לוי לאחר שנה של הסגר. הבלם אורי ויינברג הגיע מחדרה והשוער משה פלדשטיין עשה את הדרך ההפוכה. במקומו הצטרף כשוער שני ארנון רוקמן מהפועל עפולה. רובי יאנג, הקיצוני השמאלי בן ה-17 עלה מהנוער. יאנגו סימנדיריס הודיע על כוונתו לעזוב את ישראל ולהצטרף לאחיו לולי ששיחק באתונה. אבל רגע לפני שעמד לעלות אל האוניה שיצאה מנמל חיפה צ'יק הצליח לשכנע אותו להישאר לעונה נוספת. הקבוצה החלה להתאמן באיצטדיון קרית חיים החדש. במחזור השני הפועל חיפה הביסה את בית״ר ת״א 0:6, במשחק בו ערך את הופעת הבכורה שלו רובי יאנג.
ב-13 לפברואר 1960 נערך בקרית אליעזר משחק הדרבי החיפאי שנדחה מהמחזור השביעי. אורי ויינברג שנפצע כבר בדקה ה-5 ופונה לבי״ח רמב״ם, חזר למשחק בדקה ה-30 כשראשו חבוש. לפני סיום המחצית כבשו שלמה לוי ואברהם גינזבורג בדרך לניצחון 1:2. הניצחון בדרבי הכתיר את הפועל כ״אלופת החורף״ כשסיימה לראשונה בתולדותיה את הסיבוב הראשון במקום הראשון. ב-21 למאי גליל גלסברג רשם הישג אישי מרשים כשכבש שישה שערים במשחק אחד לרשת מכבי פ"ת בניצחון 1:6 במסגרת משחקי גביע מגן ההתאחדות. בהמשך, לאחר שלוש תוצאות תיקו הקבוצה סיימה רצף של שישה משחקים ללא ניצחון כשהביסה ב-4 ליוני את מכבי נתניה בחוץ בתוצאה חסרת התקדים 1:9. שבוע לאחר מכן, במחזור הסיום הדרמטי של עונת 1959/60 הפועל חיפה מנעה אליפות ממכבי ת"א כשניצחה אותה 1:2. יאנגו סימנדיריס הצטיין במשחקו האחרון בקבוצה כשניטרל את רפי כהן, מלך השערים של מכבי ת"א. זלטקו צ'ייקובסקי שחוזהו בחיפה הסתיים, נפרד מהקבוצה בסוף חודש יוני וחתם על חוזה אימון בטורקיה. לאחר מכן עזבו את הקבוצה מיכאל ויאנגו סימנדיריס ועברו לשחק ביוון. באוגוסט הפועל חיפה איבדה גם את השוער מישל פורטל שהחליט לשחק בצרפת למרות שלא קיבל שחרור. לאחר עזיבתו של פורטל, קיבל ארנון רוקמן את אפודת השוער הראשון.
שחקנים בולטים: אברהם גינזבורג, מרדכי מרטין, האחים סימנדיריס, יצחק (איציק) אשכנזי, זלטקו צ'ייקובסקי, טיבור (טיבי) נוימן, משה הנדלר, מיכאל (מישל) בן-דוד, משה פלדשטיין, ולדימיר (לקלי) שלנגר
הישגים: סגנות (1959), מקום שלישי (1952), גמר גביע (1958), גביע העשור (1958)