לאחר סיום עונת 1979/80 השחקנים לחצו ששפיגלר ימשיך אבל דרישות השכר שלו היו גבוהות מדי בשביל הפועל חיפה ובמקומו מונה שמעון שנהר. השחקנים בהנהגתו של הקפטן בומה ויינברג, סירבו להשלים עם ההחלטה. הם פתחו במאבק נגד היו"ר, אמנון צידון והודיעו שלא יתייצבו לאימונים עד שהוא יוחלף. בניסיון לשבור את המרד, הוחתם השוער יעקב אסייג מנצרת עילית. המרד נמשך כשחלק מהשחקנים מחרימים את האימונים אבל בסופו של דבר מועצת הפועלים הודיעה שצידון לא ימשיך ולוי כרמל מונה במקומו. גם לאחר שנפתר משבר היו"ר, השחקנים הבכירים דרשו שיפור משמעותי בשכרם וחלקם המשיכו להחרים את האימונים. לפני סגירת שוק ההעברות, ויינברג עבר לבני יהודה ולהפועל חיפה הצטרפו הירושלמים אלי מיאלי ונחום תא-שמע. ההכנה הלקויה נתנה את אותותיה במשחק הפתיחה שנערך ב-6 לספטמבר, כשהקבוצה ספגה הפסד ביתי 4:0 לכפר-סבא. שנהר נאלץ להתמודד עם חוסר הרצינות ופציעות רבות של השחקנים שהרבו לאחר ולהעדר מהאימונים. הפועל חיפה סיימה את הסיבוב הראשון של עונת 1980/81 עם הפסד לבאר שבע שהוריד אותה למקום ה-14, מתחת לקו האדום. אלי מיאלי היה הכובש המצטיין של הקבוצה, אבל הצהיר מספר פעמים על רצונו לעזוב בסיום העונה.
ב-14 למרץ 1981, הפסד 3:0 לבית"ר נתניה מליגה א' בגביע חיזק את התחושה שהקבוצה בדרך לליגה הארצית. לאחר ההפסד בגביע, המאמן שמעון שנהר הודח ובמקומו מונה דוד גוזלן, שחקן עבר של מכבי חיפה. גם הנהלת הקבוצה הודחה ובמקומה מונתה הנהלת חירום בראשות יובל כצנשטיין. במשחקו הראשון כמאמן במחזור ה-24, גוזלן רשם ניצחון 0:1 על האלופה נתניה משער של מיאלי. כעבור שני מחזורים הבקיע מיאלי, מלך השערים של הקבוצה, שלושער בניצחון 0:5 על האחרונה בטבלה הפועל ר״ג, אבל הפועל חיפה עדיין נשארה מתחת לקו האדום. בנוסף לצרות בליגה, נפתחה גם חקירה נגד כמה מאנשי הפועל חיפה בחשד להטיית משחק מול מכבי פ"ת בעונת 1976/77. האווירה בקבוצה היתה קשה, רוב השחקנים איבדו את האמונה ביכולתם להשאר בליגה ולא הפגינו רוח לחימה. במחזור ה-29 שנערך ב-16 למאי הפועל חיפה הגיעה למשחק מכריע נגד מכבי יפו, אבל הובסה 6:2 וירדה ליגה בפעם הראשונה בתולדותיה.
לאחר הירידה, אורי ויינברג מונה שוב כמאמן הקבוצה. מועצת הפועלים החליטה לקצץ את תקציב הקבוצה בצורה משמעותית. לאחר תקופה ארוכה של חוסר ודאות מונו זאב פלדהיים ליו"ר מחלקת הכדורגל וטיבי נוימן כמנהל טכני. אבל הצרות נמשכו כשמפ״ח התקשתה להתמודד עם הדרישות הכספיות של השחקנים שלא הסכימו לשכר שהוצע להם. במשחקה הראשון של הפועל חיפה בליגה הארצית, היא הפסידה 2:1 בבית למכבי יבנה. הקבוצה התקשתה להסתגל לליגת המשנה וכעבור חמישה מחזורים דורגה במקום האחרון כשבמאזנה שלוש נקודות בלבד. לאחר הפסד מביך 2:1 לתל-חנן במחזור ה-13, הקבוצה ירדה מתחת לקו האדום וויינברג התפטר. במקומו מונה איציק אנגלנדר שהיה המאמן הרביעי של הקבוצה בשנת 1981. אבל גם לאחר חילופי המאמנים הפועל חיפה נותרה מתחת לקו האדום. בשליש האחרון של העונה, הקבוצה הצליחה לחבר כמה ניצחונות וניצלה מירידה.
אנגלנדר המשיך לאמן את הפועל חיפה בעונת 1982/83. הקבוצה התחזקה עם צירופו של החלוץ הותיק שייע פייגנבוים וסיימה את הסיבוב הראשון במקום השני. מחזור ה-23 שנערך ב-26 למרץ 1983, הפועל חיפה שדורגה רביעית אירחה את השניה בטבלה, מכבי רמת עמידר. אבנר חדד העלה את האדומים ליתרון, אבל בזמן שהשחקנים חגגו את כיבוש השער, שחקני עמידר חידשו את המשחק. בומה ויינברג נאלץ להכשיל את חלוץ עמידר והשופט שיינר הורה על הנקודה הלבנה. הויכוחים לא עזרו ועמידר השוותה ל-1:1. לאחר מכן שיינר הרחיק את עזמי נסאר בכרטיס אדום. אירוע זה נתן את האות למהומה הגדולה ובין השחקנים במגרש התפתחה תגרה על המגרש בזמן שמהיציע נזרקו חפצים לעבר הקוון. השופט סיים את המשחק בדקה ה-60 והפועל חיפה ספגה הפסד טכני ועונש רדיוס ללא קהל. למרות שהקבוצה לא שיחקה יותר בקרית חיים עד בעונה זו, היא הצליחה לשמור על סיכוי לעלות עד סוף העונה. במחזור הסיום שנערך ב-21 למאי הפועל חיפה עדיין היתה תלויה בעצמה כשיצאה למשחק חוץ מכריע נגד בית"ר ת"א בידיעה שניצחון מעלה אותה ליגה. אבל בית"ר ת"א ניצחה 2:0 ועלתה.
לקראת עונת 1983/84 אהרל'ה גרשגורן, כוכב עבר של מכבי חיפה, התמנה כמאמן במקום אנגלנדר. החצי הראשון של העונה לא היה מוצלח במיוחד והפועל חיפה סיימב את הסיבוב הראשון במקום השמיני. הסיבוב השני נפתח בצורה מוצלחת עם נצחון מוחץ 0:5 על נצרת עילית. גם בגביע הפועל חיפה זכתה להצלחה אחרי שעברה את יהוד ויפו מהלאומית בדרך לרבע הגמר מול מכבי ת״א. במחזור ה-22 הפועל חיפה ניצחה את בית שמש ועלתה למקום השלישי שמוביל ללאומית, אבל לאחר מכן הפסידה בדרבי הקטן לבית״ר חיפה וירדה למקום השישי. לאחר ההפסד המביך בדרבי, הפועל התאוששה עם שישה ניצחונות ליגה רצופים. האחרון שבהם היה במחזור האחרון ברמלה. העליה היתה בסכנה כשבית"ר המקומית הובילה 1:0 במחצית, אבל במחצית השניה אהרון פדידה ואבנר חדד הפכו את התוצאה. בסיום השחקנים חגגו עם האוהדים כשהפועל חיפה חזרה לליגה הלאומית כאלופת הליגה הארצית.
הפועל חיפה חוגגת עליה 1984
העולה החדשה פתחה את עונת 1984/85 בצורה סבירה כשהיא ממעטת לספוג שערים אבל גם לכבוש. במחזור השישי נערך בקרית חיים הדרבי החיפאי לאחר הפסקה של שבע שנים. במשחק הזה הפועל הפסידה בפעם הראשונה באותה עונה, 1:0. הקבוצה סיימה את הסיבוב הראשון במקום התשיעי. בפתיחת הסיבוב השני הפועל חיפה הובסה בבית 5:2 ע״י מכבי פ״ת. לאחר המשחק האוהדים דרשו את פיטוריו של גרשגורן והוא נאלץ לצאת מהמגרש בליווי משטרתי. הדרבי השני של העונה היה ה-50 בליגה מאז קום המדינה. למרות שהפועל נותרה בעשרה שחקנים, היא הצליחה לחלץ 0:0 בפעם היחידה בשנות ה-80. שלושה נצחונות במחזורי הסיום הציבו את הפועל חיפה במקום החמישי המכובד, בעונת השיא של הקבוצה באותו העשור.
לאחר שהתפוגגה ההתלהבות מעונת השיבה לליגה הלאומית, פתיחת עונת 1985/86 בישרה רעות והמועדון עמד בפני פשיטת רגל בשל חובות למס הכנסה. בעונה זו הקבוצה חזרה לשחק בקרית אליעזר. העונה היתה פחות מוצלחת מהקודמת והקבוצה השיגה רק שלושה נצחונות דחוקים בסיבוב הראשון. בחודש ינואר 1986 נעשה ניסיון להביא להפועל חיפה חיזוק מפתיע בדמותו של הכוכב הסקוטי של לידס, פיטר לורימר בן ה-39. לאחר שלורימר עבר גיור קונסרבטיבי בארה״ב הוא הגיע לארץ אבל משרד הפנים לא העניק לו אזרחות. בינתיים הפועל חיפה ירדה מתחת לקו האדום ולאחר המחזור ה-15 גרשגורן התפטר. לורימר מונה למאמן זמני, מינוי שהפך לקבוע לאחר שהוא לא קיבל אישור לשחק. אבל גם עם לורימר על הקווים הקבוצה לא התאוששה וצברה חמישה הפסדים רצופים. גם בהמשך הפועל חיפה ספגה תבוסות וירדה למקום האחרון. בסופו של דבר לורימר הכריזמטי אבל נעדר כל ניסיון באימון, לא מנע את חזרת הקבוצה לליגה הארצית לאחר שתי עונות בלבד בליגה הלאומית בשנות ה-80.
לקראת עונת 1986/87, לראשונה מאז שהוקמה הפועל חיפה, מפ״ח העבירה את זכויות הניהול של קבוצת הכדורגל לעמותה חיצונית בראשות אבי שוסטר ואלי שגב. יצחק שום מונה למאמן. הפועל חיפה שיחקה את שני משחקי הבית הראשונים שלה בקרית חיים אבל לאחר מכן חזרה לקרית אליעזר. במחזור התשיעי הפועל חיפה ניצחה את יהוד 0:2 ועלתה על חשבונה למקום הראשון לאחר שלושה נצחונות רצופים. הקבוצה נשארה בפסגה עד סוף הסיבוב הראשון. למרות המיקום של הקבוצה בפסגה, שום לא היה מרוצה מהיכולת של חניכיו. במהלך הפגרה הוא צירף את חיים בן-שאנן כדי לתת לקבוצה אופי התקפי ויצירתי יותר. אבל השינוי פגע במרקם החברתי של הקבוצה שפתחה את הסיבוב השני בצורה נוראית. במחזור ה-19 הפועל חיפה הפסידה 2:1 לעמידר וירדה למקום הרביעי. ב-3 למרץ 1987 הפועל חיפה זכתה בגביע הטוטו של הליגה הארצית לאחר ניצחון 2:3 על הפועל עכו. לאחר הזכיה בגביע הטוטו, הקבוצה התאוששה גם בליגה וחזרה לנצח. במחזור ה-23 הקבוצה הביסה את דימונה בתוצאה 2:5 והשלימה סדרה של ארבעה נצחונות רצופים שהחזירו אותה למקום הראשון. אבל לאמר מכן ארבעה תוצאות תיקו הורידו את הפועל חיפה למקום השני. כדי לעלות ליגה, הפועל חיפה היתה חייבת ניצחון על טבריה במחזור האחרון ולקוות להפסד של ירושלים. כבר בדקה השלישית נפסקה בעיטת עונשין מ-11 מטר לזכות החיפאים אבל רונן רוקמן בעט לקורה והחוצה. טבריה הבקיעה שני שערים מול שער שוויון זמני של שלומי שטיקר וניצחה.
ב-13 ליוני קבוצת הנוער בהדרכתו של אשר עלמני זכתה בגביע המדינה, אחרי שניצחה בגמר את מכבי פ"ת 2:4. לקראת עונת 1987/88, כוכב העבר איציק אנגלנדר מונה שוב למאמן וליאון גרוס לעוזרו. בעונה זו עלה לבוגרים טל בנין, אחד הכשרונות הגדולים שצמחו בהפועל חיפה בכל הזמנים ולבטח הגדול ביותר בשנות ה-80. הפתיחה של הפועל חיפה היתה טובה וכעבור חמישה מחזורים הקבוצה דורגה במקום השלישי עם 100% הצלחה בשלושת משחקי הבית הראשונים שנערכו בקרית אליעזר. אבל במחזור השמיני הפועל חיפה ספגה תבוסה 4:0 מהפועל טבריה. מיד לאחר מכן אנגלנדר פוטר ובמקומו התמנה רוני דורה. אחד הצעדים הראשונים של דורה היה הבאתו של השוער הותיק אריה חביב שייצב את ההגנה החיפאית ביחד עם יוסי קרמר. דורה התאים את סגנון המשחק לסגל שעומד לרשותו והקנה לקבוצה אופי הגנתי יותר. הקבוצה סיימה את הסיבוב הראשון במקום השני לאחר סדרה של חמישה נצחונות רצופים. הפועל חיפה שמרה על המקום השני, ממנו עולים לליגה הלאומית לאורך כל הסיבוב השני של העונה. במחזור ה-20 הפועל חיפה ניצחה את חדרה 0:2 ובכך השלימה רצף מרשים של 12 משחקים ללא הפסד מאז הצטרפותו של דורה ו-11 משחקים ללא ספיגה לאריה חביב.
הפועל חיפה סיימה את הליגה הסדירה עם אותו מספר נקודות כמו הפועל ירושלים ויתרון של חמש נקודות על השלישית, טבריה. ההצלחה נמשכה גם במשחקי גביע המדינה כשהפועל חיפה הדיחה את האלופה בית"ר ירושלים לאחר נצחון מפתיע 0:1 בימק"א. הקבוצה פתחה את משחקי הפלייאוף העליון ביכולת חלשה, אבל עדיין שמרה על המקום השני. במחזור הרביעי של הפלייאוף, חיפה הפסידה בקרית חיים 2:0 לטבריה. זה היה הניצחון השלישי של טבריה על חיפה באותה עונה והפער בין שתי הקבוצות הצטמק לשתי נקודות בלבד. מחזור אחד לפני הסיום הפועל חיפה הפסידה 1:0 בבית ליבנה ואפשרה לטבריה לחלוף על פניה בטבלה. במחזור האחרון היה עוד לקבוצה סיכוי לעלות, אבל היא הפסידה 2:0 לשעריים, ולטבריה הספיק תיקו כדי לחגוג עליה לליגה הלאומית.
לאחר הכשלון העונה החולפת, הקבוצה צברה גרעון שנאמד לפני פתיחת העונה בכמיליון שקלים. רוני דורה המשיך בתפקיד המאמן עם תקציב מצומצם. ההנהלה ניסתה למכור את טל בנין למכבי חיפה אבל משפחתו טרפדה את ההסכם שהושג ללא ידיעתם. פתיחת עונת 1988/89 היתה הגרועה ביותר בתולדות הפועל חיפה כשבעשרת המחזורים הראשונים הקבוצה הפסידה שש פעמים וסיימה ארבעה משחקים בתיקו. הקבוצה שקעה באוירת יאוש ונראתה בדרך הבטוחה לליגה א׳. אם לא היה די בצרות המקצועיות, הפועל חיפה היתה בסכנת פירוק בשל החובות הכבדים שצברה העמותה בראשות שוסטר ושגב. כדי להמנע מכך הוחלט על סיום פעילותה של העמותה הקיימת ומינוי הנהלה חדשה. יצחק מדר, מחזיק תיק הפועל במפ״ח, גייס כספים כדי לכסות את חובות הקבוצה, והעביר את זכויות הניהול לשחקני העבר איציק אנגלנדר ואבי קאופמן שהקימו עמותה בשם "אגודת ידידי הפועל חיפה" וצירפו את אפרים גבאי. הקבוצה התאוששה עם ההנהלה החדשה ולאחר שלושה נצחונות רצופים עלתה למקום ה-11 בסיום הסיבוב הראשון. בסיבוב השני הקבוצה השלימה סדרה של 11 משחקים ללא הפסד. אבל למרות ההתאוששות, הפועל חיפה לא הצליחה להתברג לפלייאוף העליון כשסיימה את העונה הסדירה במקום התשיעי.
לאחר האכזבה בעונה החולפת, חברי ההנהלה תכננו לבנות קבוצה טובה יותר ולשם כך רצו להשאיר את המאמן רוני דורה והכוכב הצעיר טל בנין. אבל מועצת הפועלים קיצצה את תקציב הקבוצה והמשך קיומה של הפועל חיפה הוטל בספק. בנין שדרש שחרור במהלך העונה הקודמת, פנה לבית המשפט שקבע כי הקשר בן ה-18 יושאל למכבי חיפה לתקופה של שנתיים. ההנהלה הבינה שלא תוכל לעמוד בדרכו אבל דרשה תמורתו 2-3 שחקנים וכסף. הקבוצה גם נותרה ללא מאמן לאחר שלא הצליחו להגיע לסיכום כספי עם רוני דורה. בסופו של דבר הורכב ברגע האחרון סגל בינוני של שחקנים. הקבוצה פתחה את עונת 1989/90 ללא מאמן כשהיו"ר אנגלנדר משמש כמאמן זמני, מינוי שהפך בהמשך העונה לקבוע. הקבוצה הבטיחה סופית את הישארותה רק במחזור ה-29 לאחר ניצחון 0:4 על טמרה.
שחקנים בולטים: שלומי שטיקר, גיורא אנטמן, אבי קאופמן, אבי ליפשיץ, רונן רוקמן, רוני מלכה, אבנר חדד, דוד לוי, אלי בן-אמו, ארז קירשנר, עזמי נסאר
הישגים: עליה (1984), גביע הטוטו ארצית (1987), גביע הנוער (1987)