לקראת עונת 2010/11, יואב כץ רצה למנות את ניצן שירזי כמנהל מקצועי וכך למעשה הראה למאמנה של הפועל חיפה בארבע השנים האחרונות, שלומי דורה את הדרך החוצה. במחזור הראשון הפועל חיפה ניצחה את הדאבליסטית הפועל ת"א 0:1 ולאחר המחזור השלישי הקבוצה ניצבה בפיסגה עם 100% הצלחה. אבל שלושה הפסדים רצופים שהגיעו במחזורים הבאים ציננו את ההתלהבות והקבוצה התמקמה במרכז הטבלה. הפועל חיפה סיימה את הסיבוב הראשון המקום השביעי. בפתיחת הסיבוב השני, במשחק שנערך ב-1 לינואר 2011 הפועל חיפה ספגה תבוסה 5:0 מהפועל ת"א וירדה למקום התשיעי. לאחר מכן הקבוצה התאוששה ובמחזור ה-28 הביסה את בני סכנין 1:4 והבטיחה לעצמה מיקום בפלייאוף האמצעי לפחות. במחזור האחרון של העונה הסדירה היה לקבוצה סיכוי טוב להיכנס לפלייאוף העליון לאחר ניצחון 2:3 על הפועל פ"ת, אבל תיקו של מכבי נתניה מול מכבי חיפה העלה אותה על חשבון הפועל חיפה בזכות הפרש שערים עדיף. את שלושת המשחקים המיותרים של הפלייאוף האמצעי הקבוצה הפסידה והדרדרה למקום העשירי. זאת היתה עונת הפריצה הגדולה של עדן בן-בסט שסיים עם 18 שערים (סגן מלך השערים של הליגה) ועבר לברסט מהליגה הצרפתית לאחר סיום העונה.
בקיץ שלפני פתיחת עונת 2011/12, ניצן שירזי זומן מספר פעמים לחקירת משטרה בפרשה שכונתה "הכדור המרכזי". יואב כץ נתן לשירזי גיבוי מלא, אבל ההכנות לעונה היו לקויות. הפועל חיפה פתחה את העונה ביכולת נוראית עם חמישה הפסדים רצופים. לאחר שבעה מחזורים צברה נקודה בודדת אבל הקדימה בטבלה את הפועל פ"ת שממאזנה הופחתו תשע נקודות. הניצחון ראשון הגיע רק במחזור התשיעי, 0:1 בקרב התחתית מול הפועל פ"ת. רוב שחקני הרכש ששירזי הביא לא הצליחו להשתלב בקבוצה, ורק החלוצים אבידור וגלושביץ' סיפקו את הסחורה. שירזי התפטר לאחר הפסד 2:0 לרמת השרון במחזור ה-13, כשהקבוצה דורגה במקום ה-14 עם שבע נקודות בלבד. יואב כץ הפתיע כשמינה את כוכב העבר טל בנין, שהיה עד אז חסר ניסיון כמאמן ראשי. התפנית הגיעה מיד עם ניצחון 0:2 על מכבי ת"א ובמחזור שלאחר מכן הפועל השיגה ניצחון מדהים בדרבי 1:3. זה היה הניצחון הראשון בדרבי בליגה מאז 2001.
לאחר מינויו של בנין למאמנה של הפועל חיפה, מצבה של הקבוצה השתפר ותחת הדרכתו שותפו כמעט בכל משחק 10-8 שחקני בית. מגמת ההתאוששות נמשכה כשהקבוצה צוברת נקודות בעיקר במשחקי הבית כולל ניצחונות מרשימים בתוצאה 0:3 על בית"ר ירושלים והפועל ת"א. במחזור ה-26 הפועל חיפה עלתה מעל הקו האדום לאחר ניצחון 2:3 על עירוני ראשל"צ. במחזור ה-30 הפועל החמיצה ניצחון נוסף בדרבי לאחר שמכבי השוותה ל-1:1 בזמן פציעות. הקבוצה סיימה את העונה הסדירה במקום ה-12. במחזור ה-32 הפועל חיפה נוצחה 2:1 ע"י מכבי פ"ת באצטדיון המושבה החדש. מיד בסיום המשחק ארעה תגרה בין שחקני שתי הקבוצות, ובמהומה שנוצרה נגח מאמן השוערים של מכבי פ"ת בעלי חטיב וסדרן בעט בראשו בעודו שרוע על הדשא. בעקבות התקרית הופחתו ממאזנה של פ"ת שלוש נקודות, מה שהוביל בדיעבד לירידתה. ההישארות של הפועל חיפה הובטחה סופית במחזור האחרון בזכות ניצחון 1:2 על הפועל פ"ת. מיד בסיום העונה בנין הודיע שאינו יכול לעבוד עם כץ למרות האמון שנתן בו וחתם במכבי נתניה ביחד עם עוזרו, מאיר בן-מרגי. הסיפור הזה גרם במידה רבה להתגברותה של תנועת המחאה של חלק מאוהדי הפועל חיפה ששוב דרשו את הסתלקותו של כץ מהקבוצה.
לקראת עונת 2012/13 יואב כץ מינה את ניר קלינגר כמאמן במקום טל בנין. בדומה לעונה הקודמת, גם העונה הזאת נפתחה באופן גרוע כאשר הפועל חיפה השיגה את הניצחון הראשון רק במחזור התשיעי מול מ.ס. אשדוד בבית בזכות שני שערים שהובקעו בדקות הסיום. בהמשך העונה הפועל חיפה דשדשה מתחת לקו האדום ונראה היה שהיא בדרך הבטוחה לליגה הלאומית. הקבוצה סיימה את הסיבוב הראשון במקום האחרון עם שישה שערי זכות בלבד. במחזור ה-16, לאחר שלוש תוצאות תיקו, הפועל חיפה ספגה תבוסה 6:2 מול מכבי ת"א והמצב נראה בכי רע. הקבוצה עם ההגנה שספגה הכי הרבה שערים בליגה (29), וההתקפה החלשה ביותר (10) דורגה במקום האחרון עם ניצחון בודד ועשר נקודות בלבד. אבל כץ המשיך לתת גיבוי מלא לקלינגר ("ווינר" כהגדרתו) והאמין ביכולתו להשאיר את הקבוצה בליגה. במחזור ה-17 הפועל חיפה קטעה סידרה של שבעה משחקים ללא ניצחון כשגברה 1:2 על בני יהודה. בינתיים הפועל חיפה השיגה תואר ראשון בעידן כץ כשזכתה בגביע הטוטו לאחר ניצחון על הפועל באר שבע 0:1 במשחק הגמר שנערך ב-23 לינואר 2013 באצטדיון המושבה. ההצלחה נמשכה גם בליגה ואחרי 16 מחזורים בהם היתה הקבוצה במקום האחרון בטבלה, היא טיפסה למקום ה-13 במחזור ה-19 בזכות ניצחון 0:3 על רמת השרון. ניצחון במחזור ה-26 על הפועל ר"ג הביא את הקבוצה לראשונה מעל הקו האדום כשהיא עולה למקום העשירי. ניצחון במחזור ה-31 בתוצאה 1:3 על בית"ר ירושלים הבטיח את ההשארות באופן מעשי. בכל זאת, סכנת הירידה הוסרה סופית רק במחזור האחרון לאחר תיקו ביתי 1:1 מול הפועל עכו.
לאחר ההשארות בליגה, קלינגר עזב את הפועל חיפה לטובת מ.ס. אשדוד. שלומי דורה חזר הביתה ובנה מחדש את הקבוצה עם שמונה שחקנים חדשים שלא עוררו ציפיות גדולות. הפועל חיפה הפתיעה ופתחה את עונת 2013/14 בצמרת למרות יכולת פושרת למדי. במחזור השביעי הפועל ניצחה 0:1 בדרבי. שלושה ניצחונות רצופים הציבו את הפועל חיפה במקום השלישי עם מאזן מרשים של חמישה ניצחונות משמונה משחקים. אבל לאחר מכן הגיעו ארבעה הפסדים רצופים והקבוצה סיימה את הסיבוב הראשון במקום השמיני. ב-1 לפברואר 2014 נערך הדרבי האחרון בקרית אליעזר כשהפעם מכבי ניצחה 0:1. בהמשך הקבוצה צברה שמונה משחקים ללא ניצחון שהורידו אותה למקום השמיני. הפסד במחזור ה-25 בבאר-שבע משער עצמי אומלל בדקה ה-80, קבע שהקבוצה תשחק שוב בפלייאוף התחתון. כשהיה נדמה שהעונה הסתיימה באופן מעשי, הקבוצה צברה חמישה הפסדים רצופים שדרדרו אותה למקום העשירי והביאו אותה לסכנת ירידה מוחשית. ניצחון 0:1 על בית"ר ירושלים במחזור ה-30 הבטיח את ההישארות. שלושה הפסדים נוספים בסיום העונה הביאו את הפועל חיפה למאזן עגום של שמונה הפסדים בתשעה המשחקים האחרונים והותירו אותה במקום ה-11.
אוהדי המחאה שנואשו מניסיונותיהם לגרום ליואב כץ לעזוב את המועדון, הקימו עמותה בשם "עיר הפועלים". המטרה העיקרית של העמותה היתה להריץ קבוצת אוהדים בשם הפועל "רובי שפירא" חיפה כאלטרנטיבה להפועל חיפה. בין ראשי העמותה היה אבי קאופמן שמונה ליו"ר הקבוצה. אלמנתו של רובי שפירא, רחל מונתה לנשיאת הכבוד של המועדון. קבוצת אוהדים אחרת בראשות מודי בר און, לקחה את האחריות על ניהול מחלקת הנוער. האוהדים גייסו כספים למחלקה והחלו בשיפוץ מתחם האימונים בקרית חיים. אבל פרוייקט הנוער הסתיים עוד לפני סוף העונה לאחר שהאוהדים לא קיבלו את ההקצבות שהובטחו להם על-ידי כץ.
לקראת עונת 2014/15 ראובן עטר מונה למאמן במקומו של שלומי דורה. הקבוצה שוב נבנתה מחדש עם כעשרה שחקנים חדשים. בעונה זו נחנך אצטדיון סמי עופר בחיפה, אבל בגלל העלויות הגבוהות של האבטחה והחשש מהאצטדיון הגדול, יואב כץ הודיע על העברת משחקי הקבוצה לעכו, למרות מחאות האוהדים. בסופו של דבר, כץ הגיע לסיכום עם העיריה על כך שהקבוצה תשחק בסמי עופר. בינתיים נדחתה פתיחת העונה בגלל מבצע "צוק איתן" בעזה. כך יצא שהפועל חיפה זכתה לחנוך את איצטדיון סמי עופר במשחק גביע הטוטו מול הפועל עכו. במשחק שנערך ב-27 לאוגוסט, טוסיין ריקטס כבש את השער הראשון בהיסטוריה של האיצטדיון החדש. בהמשך משחקי גביע הטוטו שנערכו לפני פתיחת העונה, הפועל חיפה הציגה יכולת טובה והגיעה עד לחצי הגמר. אבל הקבוצה פתחה את הליגה בצורה חלשה ומיעטה לצבור נקודות באצטדיון החדש. עטר השיג את הניצחון הראשון במחזור הרביעי בזכות שער דרמטי בתוספת הזמן שקבע 2:3 על נתניה. אבל הניצחון הזה לא שינה את המגמה ולאחר שלושה הפסדים רצופים הקבוצה מצאה את עצמה במקום האחרון. את הסיבוב הראשון הקבוצה סיימה עם שתי תבוסות בתוצאה 4:0 בבאר-שבע ובדרבי הראשון שנערך בסמי עופר. ההפסדים האלה הותירו את הפועל חיפה במקום האחרון עם מאזן עלוב של שבעה שערי זכות בלבד ב-13 משחקים. מעמדו של עטר התערער מאוד, אבל כץ נתן לו צ'אנס נוסף.
בארבעת המחזורים הראשונים של הסיבוב השני, הפועל חיפה צברה שלושה נצחונות ועלתה למקום השביעי. אבל בהמשך הקבוצה שוב נקלעה למשבר. לאחר הפסד בקרב התחתית להפועל פ"ת שהביא את הקבוצה למרחק של נקודה מהקו האדום, ראובן עטר פוטר וטל בנין חזר במקומו. בנין פתח את הקדנציה השניה שלו בדיוק כמו הקודמת, עם ניצחון מדהים 0:2 על האלופה מכבי ת"א. אבל ההמשך היה הרבה פחות מוצלח, ולאחר ארבעה הפסדים רצופים, הפועל חיפה מצאה את עצמה במקום האחרון במחזור ה-29 בתוך הפלייאוף התחתון. במחזור ה-30 הקבוצה עלתה מקום אחד לאחר תיקו מול אשדוד אבל סגרה שבעה משחקים ללא ניצחון בהם כבשה שער אחד בלבד. במחזור ה-31 נערך קרב תחתית בסמי עופר מול האחרונה בטבלה, הפועל פ"ת. בדקה ה-16 פתח-תקווה כבר הובילה 2:0 וזה נראה גמור, אבל הפועל חיפה הפכה את התוצאה וניצחה 2:3 עם צמד של החלוץ האלבני חמדי סליחי. במחזור ה-32 הקבוצה היתה חייבת ניצחון מול רעננה שכבר סיימה את העונה. רעננה עלתה ליתרון 1:0 במחצית השניה אבל סליחי שוב הפך את התוצאה עם שני שערים בדקות הסיום שהעלו את הקבוצה מעל הקו האדום, מחזור אחד לפני הסיום. במחזור האחרון, הקבוצה היתה זקוקה לניצחון ביתי על נתניה כדי להבטיח את ההשארות. המשחק הסתיים ב-0:0 מאכזב, אבל למזלה של הפועל חיפה, במשחק המקביל מ.ס. אשדוד הפסידה וירדה ליגה. הפועל חיפה סיימה את העונה עם 25 שערי זכות בלבד והפרש השערים הכי גרוע בליגה: 22-.
מיד בסיום העונה, יואב כץ הודיע על המשך עבודתו של המאמן טל בנין למרות אולטימטום שהציב המנכ"ל אפרים גבאי שהודיע שאם בנין ממשיך הוא עוזב. גבאי לא עזב אבל הנתק בינו לבין בנין נמשך והסכסוך פגע בהכנות לעונה החדשה. בפתיחת עונת 2015/16 הפועל חיפה השיגה אחוזי הצלחה לא רעים בחוץ אבל הפסידה בארבעת משחקי הבית הראשונים בסמי עופר. בנין התקשה לייצב את ההגנה וניסה לא פחות משמונה שחקנים שונים בחולייה האחורית. לאחר שמונה מחזורים הקבוצה מצאה את עצמה מתחת לקו אדום עם שמונה נקודות שכולן הושגו בחוץ. בעקבות כך, מעמדו של בנין התערער ויואב כץ כבר החל בשיחות עם ניר קלינגר על תפקיד המנהל המקצועי. בנין הצליח לבסוף להשיג נקודות הראשונות בסמי עופר במחזור התשיעי עם ניצחון 0:2 על בני סכנין. במחזור ה-11 הפועל חיפה הפסידה 3:0 למכבי ת"א וירדה שוב מתחת לקו האדום, כשבמאזנה 11 נקודות בלבד. מעמדו של בנין התערער שוב אבל כץ נתן לו הזדמנות נוספת. במחזור ה-13 הפועל אירחה את הדרבי החיפאי ועלתה ליתרון מוקדם של 0:2 אבל מכבי ניצחה 4:2 והותירה את הפועל מתחת לקו האדום עם כ-30% הצלחה בלבד בסיום הסיבוב הראשון. בסיום המשחק אירעה תקרית בין גבאי לבנין שהעלתה שוב את המתחים ביניהם על פני השטח והם היו קרובים לחילופי מהלומות. בעקבות כך החליט יואב כץ, בצעד חסר תקדים להשעות את שניהם. במשחק הבא עמד על הקווים עוזר המאמן, מאיר בן-מרגי שהצליח לעלות עם הקבוצה מעל הקו האדום לאחר ניצחון 1:3 על עכו. לאחר מספר ימים, כץ הודיע שבן-מרגי יאמן עד סוף העונה ובכך סיים למעשה את תפקידו של בנין, שפוטר באופן רשמי רק כשבועיים אחרי אותה תקרית.
בהדרכתו של בן-מרגי הפועל חיפה צברה שמונה משחקים ללא הפסד, שישה מתוכם בליגה, אבל לא הצליחה להתרחק מהתחתית. לאחר מכן המגמה התהפכה ובמחזור ה-23 הקבוצה ירדה מתחת לקו האדום לאחר סדרה של חמישה משחקי ליגה ללא ניצחון. מיד לאחר מכן מונה אלי כהן למאמן ובן-מרגי חזר לעמדת העוזר. לראשונה בהיסטוריה של הפועל חיפה מונו שלושה מאמנים רשמיים בעונה אחת אבל גם אלי כהן לא הצליח להביא את השינוי המיוחל. בתוך הפלייאוף התחתון הפועל חיפה נותרה עמוק מתחת לקו האדום. לאחר עשרה משחקים ללא ניצחון, הקבוצה הצליחה לנצח את הפועל עכו בפעם השלישית העונה ולהשאיר לעצמה סיכוי להנצל מירידה. במחזור ה-30 הפועל חיפה ניצחה גם את נועלת הטבלה נתניה בפעם השלישית העונה ועלתה מעל הקו האדום. במחזור האחרון הפועל חיפה היתה צריכה ניצחון ביתי מול בני יהודה כדי להבטיח את ההישארות. בדומה לעונה הקודמת, הקבוצה לא הצליחה לנצח וסיימה בתיקו 1:1, אבל נשארה בליגה בזכות הפרש שערים עדיף על עכו. הפועל חיפה רשמה בכל העונה שפל של שבעה ניצחונות שהושגו מול שלוש קבוצות בלבד.
הקיץ שלפני תחילת עונת 2016/17 שוב. לא עבר בשקט. יואב כץ הודיע על המשך עבודתו של אלי כהן אבל הרבה להתערב בהחלטות המקצועיות של קביעת סגל השחקנים. גם בנושא האצטדיון הביתי היו שוב דיבורים על מעבר לעכו, אבל הוחלט בסוף להשאר עונה נוספת בסמי עופר. הפועל חיפה לא שמרה על יציבות בפתיחת העונה, אבל במחזור החמישי השיגה את אחד הניצחונות הגדולים שלה בשנים האחרונות כשהביסה את בית"ר ירושלים 0:4. בעקבות הניצחון הפועל חיפה עלתה למקום הרביעי, אבל לאחר מכן ספגה שלושה הפסדים רצופים והתרחקה מהצמרת. הפועל חיפה הצליחה לעצור את המפולת דווקא בדרבי במחזור התשיעי שהסתיים ב-0:0, התיקו הראשון של הקבוצה העונה. אבל במחזור הבא, הקבוצה ספגה תבוסה 5:1 מהפועל באר-שבע וירדה למקום ה-11. לאחר הפסד לקרית שמונה בבמחזור ה-12, כץ פיטר את אלי כהן. במשחק הבא מול מכבי ת"א שוב עמד על הקווים עוזר המאמן בן-מרגי. הקבוצה סיימה את הסיבוב הראשון במקום ה-11, לאחר שהפסידה שישה מתוך שמונת המשחקים האחרונים של הסיבוב הראשון.
לאחר מכן מונה צוות מקצועי חדש שכלל את ניר קלינגר כמנהל מקצועי ודני גולן כמאמן. הקבוצה פתחה את סיבוב השני בליגה בצורה מוצלחת יותר ועלתה למקום השמיני. בסיבוב ח׳ של הגביע נרשם הישג אישי לחנן ממן שכבש ארבעה שערים תוך 11 דקות בניצחון 1:6 על כפר קאסם מליגה א'. במחזור ה-25 הפועל התייצבה לדרבי עם הרבה חששות, אבל בסיום המשחק חיפה נצבעה באדום עם 0:3, הניצחון הגבוה ביותר בדרבי מאז 2001 והראשון באצטדיון סמי עופר. מהראן לאלה זכה לכבוש את שער המאה של הפועל במשחקי הדרבי בליגה מאז קום המדינה. אבל הקבוצה לא הצליחה למנף את ההישג וסיימה את הסיבוב השני עם שלושה הפסדים רצופים שהותירו אותה במקום השמיני. בפתיחת משחקי הפלייאוף התחתון הקבוצה הפסידה בפעם החמישית ברציפות. הפעם זה היה משפיל במיוחד כשהפועל חיפה הובסה בבית 4:1 על-ידי אשקלון החלשה. לאחר המשחק יואב כץ דרש שקלינגר ירד לקווים ובעקבות כך דני גולן החליט להתפטר. הקבוצה הבטיחה את ההישארות במחזור ה-31 עם ניצחון 0:2 על רעננה. לאחר שנים של הזנחה, קבוצת הנוער ירדה ליגה לראשונה בתולדותיה.
לאחר סיום העונה, ניר קלינגר רצה לחזור לתפקיד המנהל המקצועי, אבל יואב כץ התעקש על כך שהוא ימשיך לאמן את הקבוצה. לפני פתיחת העונה ההתאחדות הודיעה שבבדיקה שנעשתה לאחר המשחק נגד כפ"ס בסיום העונה הקודמת נמצאו חומרים אסורים בדמו של מהראן לאלה. לאלה בן ה-35, קפטן הקבוצה ומלך השערים שלה, הועמד לדין וספג עונש קשה כשהושעה לשנתיים מכל פעילות. הפועל חיפה פתחה את עונת 2017/18 עם שלושה נצחונות רצופים. במחזור הרביעי הפועל חיפה הגיעה לאצטדיון טדי למפגש מול המוליכה בית"ר ירושלים. זה נגמר ב-3:3 דרמטי עם שלושער של בן-בסט שהשווה בדקה האחרונה. הקבוצה המשיכה את פתיחת העונה הנהדרת ועלתה למקום הראשון במחזור השישי עם ניצחון על קרית שמונה. במחזור הבא הפועל חיפה המשיכה להרשים ביכולת מצויינת כשהביסה 0:4 את עכו עם שלושער של אלון תורג'מן. הקבוצה שמרה על הפסגה עם ארבעה ניצחונות רצופים ללא ספיגת שער. לאחר המחזור התשיעי הפועל חיפה דורגה ראשונה עם שבעה נצחונות ושתי תוצאות תיקו בפתיחת העונה הכי טובה מאז עונת האליפות . בעקבות ההצלחה הקהל החל לחזור למגרשים ולדחוף את הקבוצה. הפועל חיפה שלראשונה בעידן כץ נשמה אויר פסגות, גם עברה להתאמן במתחם החדש בבית נגלר והאווירה בקבוצה היתה נהדרת. לאחר ניצחון בדרבי, הפועל חיפה סיימה סיבוב ראשון מצויין עם מאזן מרשים של 72% הצלחה.
במחזור ה-18 עדן בן-בסט הגיע לחמישים שערים במדי הפועל חיפה עם אחד השערים המהירים בהיסטוריה של הכדורגל הישראלי. השער נכבש שבע שניות בלבד מפתיחת המשחק מול הפועל ב"ש באצטדיון טרנר. לאחר מכן, כוכב הקבוצה חנן ממן שחוזהו היה אמור להסתיים בסוף העונה סיכם בבאר שבע. הצוות המקצועי הבין שהראש של הקפטן כבר לא בחיפה והוחלט לשחרר אותו באופן מיידי. במקומו הוחתם גילי ורמוט ששוחרר ממכבי חיפה וחזר הביתה לאחר 12.5 שנים. לאחר שהפועל הבטיחה את מקומה הפלייאוף העליון, נערך דרבי כפול בשלב רבע גמר הגביע. שני המשחקים הסתיימו בתיקו אבל הפועל עלתה בזכות יתרון בשערי החוץ. כעבור ארבעה ימים הובהר למעלה מכל ספק שחיפה אדומה כשהפועל השפילה את מכבי 0:3 בדרבי השני בליגה. זה היה נצחון הליגה השני של הפועל בדרבי העונה והשלישי ברציפות כולל העונה הקודמת, לראשונה מאז שנות ה-50 של המאה הקודמת! הפועל חיפה סיימה את העונה הסדירה במקום הרביעי כשהיא מרוחקת חמש נקודות מהמקום הראשון. בפלייאוף העליון הקבוצה שמרה על המקום הרביעי אבל אבדה סיכוי להתמודד על האליפות. ב-9 למאי 2018, הגיע הרגע הגדול של הפועל חיפה כשהקבוצה התייצבה באצטדיון טדי למשחק גמר גביע המדינה מול בית״ר ירושלים. האדומים ניצחו 1:3 לאחר הארכה, שבסיומה הקפטן עדן בן-בסט הניף את גביע המדינה הראשון. לאחר 44 שנים והרביעי בסה״כ בתולדות המועדון.
הפועל חיפה חוגגת זכיה בגביע 2018
בעקבות ההצלחה בעונה החולפת, ניר קלינגר סומן כאחד מהמועמדים המובילים לאימון הנבחרת ובשל כך התעכב חידוש החוזה שלו בהפועל חיפה. גם השחקנים הבכירים של הקבוצה זכו להתעניינות מצידן של קבוצות אחרות ובעיקר האלופה הפועל באר שבע שהציעה חוזים גבוהים וארוכי טווח. יואב כץ התקשה להתחרות בהצעות האלה וחלק מהשחקנים החליטו לעזוב. בינתיים, הקבוצה יצאה למחנה אימונים בהולנד ואז הודלפה לתקשורת ״פרשת המסרונים״. זאת היתה התכתבות פנימית בין שחקני הקבוצה בה הם צוחקים על התנהלות הקבוצה. כץ שלקח את זה באופן אישי השעה את המגעים על הארכת החוזה של בן-בסט, אבל הקפטן לא חיכה לו וחתם גם הוא בבאר שבע. זאת היתה מכה מקצועית ומורלית לקבוצה שאיבדה תוך זמן קצר את שני הקפטנים שלה ושני החלוצים המובילים שכבשו ביחד חצי מכמות השערים בעונה הקודמת. השחקנים שהגיעו במקומם לא נראו כמי שיכולים למלא את החלל שנוצר, בעיקר בחלק הקדמי. לפני תחילת הליגה, הפועל חיפה חזרה לאירופה לאחר היעדרות של 17 שנים. בסיבוב השלישי הפועל חיפה קיבלה הגרלה קשה במיוחד בדמותה של אטאלנטה האיטלקית. כצפוי, זה נגמר בהפסד כפול והדחה מאירופה. משחק אלוף האלופים נקבע 48 שעות בלבד לאחר המשחק הראשון של הפועל חיפה באירופה. למרות שהפועל חיפה הופיעה בהרכב משני, המשחק הסתיים ב-1:1. לאחר ניצחון בדו-קרב פנדלים, הפועל חיפה זכתה לראשונה בתולדותיה בתואר אלוף האלופים. בזכות הנצחון הזה הקבוצה גם העפילה לחצי גמר גביע הטוטו, שם הפסידה למכבי חיפה בדו קרב פנדלים.
למרות החשש מהמחסור בחלוצים, הקבוצה פתחה את הליגה בסערה עם נצחון מוחץ 0:5 על מכבי נתניה. זה היה הניצחון הגבוה ביותר אי פעם של הפועל חיפה במחזור הראשון של העונה והפעם החמישית מאז קום המדינה שהקבוצה מביסה את נתניה בתוצאה זו. התוצאה הזאת גם נכנסה להיסטוריה כנצחון הגבוה ביותר של הפועל חיפה באצטדיון סמי עופר מאז הקמתו. אבל מהר מאוד התברר שההצלחה במחזור הראשון היתה חד-פעמית והקבוצה התקשתה לשחזר את היכולת מהעונה שעברה. בינתיים, בית״ר ירושלים שגם היא פתחה את העונה בצורה חלשה, הציעה לניר קלינגר להחליף את גיא לוזון שפוטר. קלינגר שהיה תחת חוזה בחיפה, הודיע שהוא ״לוקח אחריות על המצב של הקבוצה״ והתפטר. כצפוי הוא חתם כעבור כמה ימים בבית״ר. בינתיים מילא את מקומו מאיר בן מרגי, אבל גם הוא לא הצליח לעצור את המפולת. לאחר מכן כץ מינה את שרון מימר כמאמן. מימר הצליח להשיג ניצחון ראשון לאחר שבעה מחזורים כשהקבוצה גברה על אשדוד בחוץ 0:3. לדרבי ה-100 שנערך בליגה מאז קום המדינה, מכבי הגיעה עם תקוות גדולות לאחר מינויו של אלי גוטמן למאמן הקבוצה. אבל הפועל ניצחה 1:3 בפעם הרביעית ברציפות בליגה, לראשונה מאז שנות ה-50. במחזור הבא משחק משוגע בבאר שבע הסתיים בתוצאה הנדירה 4:4. הקבוצה סיימה את הסיבוב הראשון במקום השישי. במחזור ה-19 מתן חוזז שהצטרף לקבוצה כבש שלושער והוביל את הקבוצה לניצחון 0:4 על בני סכנין, שהיה ניצחון החוץ הגבוה ביותר מאז 1998. בינתיים הפועל חיפה צברה 11 משחקי ליגה רצופים ללא הפסד (הרצף הארוך ביותר מאז עונת 2000/01), אבל אז נעצרה. בשבעת המחזורים האחרונים של העונה הסדירה הקבוצה לא ניצחה וסיימה במקום השביעי, במרחק של נקודה אחת בלבד מהפלייאוף העליון. לאחר מכן הקבוצה ספגה מהלומה נוספת כשהבלם הרומני גבריאל תאמאש נעצר על נהיגה בשכרות ובמהירות מופרזת. המשבר נמשך גם בפלייאוף התחתון. במחזור ה-30 הפועל חיפה כבר ספרה 11 משחקי ליגה ללא ניצחון ובארבעת המשחקים הראשונים של הפלייאוף גם לא כבשה. בעקבות כך, מימר שכבר מזמן איבד את תמיכת הקהל, החליט להתפטר. במקומו מונה חיים סילבס כשנותרו שלושה מחזורים לסיום העונה. סילבס במשחקו הראשון על הקווים השיג סוף סוף ניצחון, 1:2 על סכנין שהבטיח את ההשארות בליגה. זה היה הניצחון היחיד ב-14 המחזורים האחרונים ושני השערים היחידים שהקבוצה כבשה בפלייאוף התחתון.
הפועל חיפה פתחה את עונת 2019/20 בצורה טובה יחסית וסיימה את הסיבוב הראשון במקום החמישי. אבל הסיבוב השני נפתח בצורה הרבה פחות טובה. במחזור ה-15 הפועל הפסידה בדרבי 3:0. בכך נקטע רצף של שבעה משחקי דרבי בליגה ללא הפסד מאז 2016. הפועל חיפה שסבלה מפציעות רבות ספגה ארבעה הפסדים רצופים שהורידו אותה למקום השמיני. בחודש ינואר פנו חמישה אנשי עסקים ליואב כץ באופן פומבי והודיעו שהם מעוניינים לרכוש את הפועל חיפה תמורת כמיליון דולר. ההצעה הזאת עוררה מחדש את המחאה של רבים מהאוהדים נגד יואב כץ שדרשו ממנו למכור את הקבוצה. בליגה, המשבר נמשך כשהפועל חיפה הפסידה חמישה מתוך ששת המשחקים הראשונים של הסיבוב השני. אבל לאחר מכן הקבוצה התאוששה ועלתה למקום השישי המוליך לפלייאוף העליון, מיקום עליו שמרה עד סיום העונה הסדירה. אחר מכן הליגה הופסקה בשל מגיפת הקורונה והשחקנים הוצאו לחופשה ללא תשלום באופן חד-צדדי. לאחר התערבות ארגון השחקנים נפתח מו״מ מתיש מול יואב כץ שהסתיים בהסכמה על קיצוץ שכר לשחקנים הישראלים. לאחר שלושה חודשים הליגה התחדשה במאי בשלב הפלייאוף ללא קהל. במחזור ה-29 נערך הדרבי החיפאי לראשונה בהיסטוריה ללא קהל. המשחק הסתיים בצורה דרמטית בתוצאה 2:2. שני הנצחונות היחידים של הפועל חיפה בפלייאוף העליון הושגו מול הפועל ת״א.
שחקנים בולטים: חנן ממן, עדן בן-בסט, מהראן לאלה, רן אבוקרט, גל אראל, מקסים פלקושצ'נקו, דור מלול, קאלה דרשלר, ניסו קפילוטו, גבריאל תאמאש, יוסי דורה
הישגים: גביע המדינה (2018), גביע הטוטו (2013), אלוף האלופים (2018)